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Onkologische Forschungsgruppen der Pathologie

Pathologie

Leitung

Prof. Dr. Dr. Markus Eckstein

 

Überblick Forschungsinhalte

  1. Tumorimmunologie solider Tumore, insbesondere Verständnis der Interaktion Microenvironment - Tumorzelle zum Verständnis der Immuntherapieresistenz
  2. Räumliche Gewebebiologie mittels Transkriptomik und Proteomik zur räumlichen Kartographierung von Tumorgewebe-Ecotypes und Archetypen, die Therapieresistenz auf moderne Immuntherapien und/oder Antikörper-Drug-Konjugate vermitteln
  3. Immunpathologische Analysen von Gewebeproben für Verlaufsmonitoring autoimmunologischer Erkrankungen unter modernen Immun- und Zelltherapien. 

 

Team

  • Markus Eckstein
  • Christian Matek
  • Almoatazbellah Youssef
  • Sebastian Rauch
  • Fabienne Lange
  • Carolin Schmidt
  • Jacqueline Wasmuth
  • Maria Moreno
  • Mohamed Abdrabbou
  • Daniel Firmbach
  • Rosina Dinkel
  • Alina Bauer
  • Lara Anheuser
  • Susanne Blank

 

Laufende Forschungsprojekte

  • DECODE ADC & translationale Resistenztestung auf ADCs: gefördert durch Deutsche Krebshilfe, Else-Kröner-Fresenius-Stiftung, Wilhelm-Sander-Stiftung

  • Immuntherapieresistenztestung im Urothelkarzinom und Kopf-Hals-Karzinom: gefördert durch Else-Kröner-Fresenius-Stiftung, Deutsche Krebshilfe und BMFTR.

     

Methoden

  • Konventionelle Sequenzierung (Bulk mittels NGS auf RNA- und DNA-Ebene)
  • Räumliche Transkriptomik (Visium, Xenium) und Proteomik (Xenium, MACSima)
  • Multiplex/Midiplex-IHC und IF (z.B. CyCIF)
  • Immunhistochemie
  • klassische Zellbiologie
  • Digitalpathologie und Künstliche Intelligenz

 

Kooperationspartner

UKER:

  • Urologie
  • Gynäkologie
  • Medizinische Klinik 5
  • Medizinische Klinik 3
  • Medizinische Klinik 1
  • Nephropathologie

 

Extern:

  • UK Bonn- Lehrstuhl für Experimentelle Medizin und Urologie
  • Northwestern University - Urologie
  • Nephrologische Klinik RWTH Aachen
  • MindPeak
  • BRIDGE Consortium e.V.

  • GUARDIANS

     

Publikationen

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=markus+eckstein&sort=date&size=200

 

Kontakt

Prof. Dr. Dr. Markus Eckstein

09131 85 47792
Markus.eckstein(at)uk-erlangen.de
 

 

Weiterführende Links

https://www.pathologie.uk-erlangen.de/

 

Stand: 04/2026

Leitung

Prof. Dr. rer. nat. Regine Schneider-Stock

 

Überblick Forschungsinhalte

  • Kolontumor und Metastasierung (Schwerpunkt: Peritonealmetastasierung), 
  • 3D Modelle und alternative ex vivo und in vivo Modelle (Schwerpunkt CAM-Modell)
  • Tumorheterogenität: Tumorzentrum versus Invasionsfront
  • Mechanosignaling von Tumorzellen
  • Magnetische Markierung von Tumorzellen
  • Zytotoxizität und Taget-Identifizierung von neuen Pflanzen-basierten Substanzen

 

Team

  • Dr. rer. nat. Kerstin Hübner
  • Dr. rer. nat. Anita Heiß
  • Adrian Koch
  • Irmak Gürcüoglu
  • Jessica Knittel
  • Sarah Belasi
  • Florian Gebhart

 

Laufende Forschungsprojekte

  • 2024-2027: IZKF Erstantragsstellerprogramm "Rolle von ATF2 bei der Peritonealmetastasierung" (K. Hübner)
  • 2023-2026: DFG SCHN477/19-1 "Quantenbildgebung von lebendem Gewebe mit magnetischen Nanopartikeln - Ein neuer interdisziplinärer Ansatz / Quantum Imaging of Living Tissues with Magnetic Nanoparticles – An Interdisciplinary Novel Approach" 

 

Methoden

  • Ex vivo Modelle zum Nachweis von Metastasierungsfähigkeit
  • Chorioallantois Membran (CAM) Modell
  • Präzisionsgewebeschnitte
  • Organoidkulturen
  • Funktionelle Assays zur Charakterisierung von Migration und Invasion
  • Life-cell imaging und Immunfluoreszenz-Mikroskopie

 

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. phil. nat. Christian Pilarsky, Chirurgie, Universitätsklinikum Erlangen
  • Dr. Philipp Kainz, KML Vision GmbH, Graz, Austria
  • Jan Prochazka, PhD, Czech Centre for Phenogenomics, Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences, Prague, Czech
  • Prof. Pithi Chanvorachote, PhD, Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand
  • Prof. Dr. Sreeparna Banerjee, Middle East Technical University, Department of Biological Sciences, Ankara, Turkey
  • Prof. Dr. Louis Vermeulen, MD, PhD, Vermeulen Laboratory, LEXOR Department, Amsterdam, The Netherlands
  • Dr. Veronika Vymetálková, PhD,  Department of Molecular Biology of Cancer, Prague, Czech Republic
  • Dr. Barbara Pardini, Italian Institute for Genomic Medicine (IIGM), Candiolo, Turin, Italy
  • Dr. Giulio Ferrero, Department of Clinical and Biological Sciences, University of Turin, Turin, Italy
  • Dr. Andriy Trailin, Laboratory of Translational Cancer Genomics, Biomedical Center, Faculty of Medicine Pilsen, Czech Republic

 

Publikationen

  • Maiuthed A, Huebner K, Erlenbach-Wuensch K, Hampel C, Thalheim D, Vial-Roehe A, Nutho B, Merkel S, Hartmann A, Chanvorachote P, Schneider-Stock R. Cytoplasmic p21 promotes stemness of colon cancer cells via activation of the NFkB pathway. Mol Oncol. 2025; DOI: 10.1002/1878-0261.70150
  • Huebner K, Erlenbach-Wuensch K, Prochazka J, Sheraj I, Hampel C, Mrazkova B, Michalcikova T, Tureckova J, Iatsiuk V, Weissmann A, Ferrazzi F, Kunze P, Nalli E, Sammer E, Gehring A, Cheema MM, Eckstein M, Paap EM, Soederberg A, Fischer C, Paul S, Mahadevan V, Ndreshkjana B, Meier MA, Muehlich S, Geppert CI, Merkel S, Grutzmann R, Roehe A, Banerjee S, Hartmann A, Sedlacek R, Schneider-Stock R. ATF2 loss promotes tumor invasion in colorectal cancer cells via upregulation of cancer driver TROP2. Cell Mol Life Sci. 2022, 15;79(8):423.
  • Kunze P, Kreiss L, Novosadová V, Roehe AV, Steinmann S, Prochazka J, Geppert CI, Hartmann A, Schürmann S, Friedrich O, Schneider-Stock R. Multiphoton Microscopy Reveals DAPK1-Dependent Extracellular Matrix Remodeling in a Chorioallantoic Membrane (CAM) Model. Cancers (Basel). 2022, 14(10):2364.
  • Lindner P, Paul S, Eckstein M, Muenzner JK, Erlenbach-Wünsch K, Ahmed HP, Mahadevan V, Brabletz T, Hartmann A, Vera J, Schneider-Stock R. EMT transcription factor ZEB1 alters the epigenetic landscape of colorectal cancer cells. Cell Death Dis. 2020; 11:147
    Steinmann S, Kunze P, Hampel C, Eckstein M, Bertram Bramsen J, Muenzner JK, Carlé B, Ndreshkjana B, Kemenes S, Gasparini P, Friedrich O, Andersen C, Geppert C, Wang S, Eyupoglu I, Bäuerle T, Hartmann A, Schneider-Stock R. DAPK1 loss triggers tumor invasion in colorectal tumor cells. Cell Death Dis. 2019;10:895.
  • Ndreshkjana B, Çapci A, Klein V, Chanvorachote P, Muenzner JK, Huebner K, Steinmann S, Erlenbach-Wuensch K, Geppert CI, Agaimy A, Ballout F, El-Baba C, Gali-Muhtasib H, Roehe AV, Hartmann A, Tsogoeva SB, Schneider-Stock R. Combination of 5-fluorouracil and thymoquinone targets stem cell gene signature in colorectal cancer cells. Cell Death Dis. 2019; 10:379.
  • Soteriou D, Kubánková M, Schweitzer C, Pradhan R, López-Posadas R, Thoma O, Györfi AH, Matei AE, Waldner M, Distler JHW, Scheuermann S, Langejürgen J, Schneider-Stock R, Atreya R, Hartmann A, Guck J. Single-cell physical phenotyping 1 of mechanically dissociated tissue biopsies for fast diagnostic assessment. Nature Biomedical Engineering (in press 2023)
  • Special Issue "The Chorioallantoic Membrane (CAM) Model – Traditional and State-of–the Art Applications: The 1st International CAM Conference" www.mdpi.com/journal/cancers/special_issues/Chorioallantoic_Membrane_Mode_CAM_Conference

 

Kontakt

Prof. Dr. rer. nat. Regine Schneider-Stock
Universitätsstraße 22, 91054 Erlangen
09131 85 43600
Regine.schneider-stock(at)uk-erlangen.de

 

Weiterführende Links

https://www.pathologie.uk-erlangen.de/forschung/arbeitsgruppen/experimentelle-tumorpathologie/

 

Stand: 04/2026

Leitung

PD Dr. Fulvia Ferrazzi

 

Überblick Forschungsinhalte

Unsere Forschung konzentriert sich auf die Entwicklung und Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens für die Analyse von Omics-Daten sowie von digitalen und molekularen Pathologiedaten. Omics-Analysen spielen eine zunehmend wichtige Rolle in der Präzisionsmedizin und tragen dazu bei, unser Verständnis der Krankheitsentwicklung zu verbessern und diagnostische und prognostische Biomarker zu identifizieren. Unsere Gruppe arbeitet an der Entwicklung von Methoden zur Analyse funktioneller Genomikdaten, um die Transkriptionsregulation in Entwicklung und Krankheit zu entschlüsseln.

Darüber hinaus arbeitet unsere Gruppe an der Entwicklung von Strategien des maschinellen Lernens, einschließlich Deep-Learning-Algorithmen, die die enorme Menge an Informationen, die in digitalisierten histopathologischen Bildern enthalten sind, sowie die zunehmende Verfügbarkeit von Daten auf molekularer Ebene nutzen, um die Stratifizierung und Behandlung von onkologischen Patienten zu verbessern.

 

Team

https://www.nephropathologie.uk-erlangen.de/forschung-und-lehre/bioinformatics-and-computational-pathology/

 

Methoden

  • maschinelles Lernen
  • Künstliche Intelligenz
  • Statistik

  • Bioinformatische Analyse von Sequenzierungsdaten (z.B. Bulk/scRNA-Seq, ChIP-Seq, ATAC-Seq, sc-multi-Omics)

     

Publikationen

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=ferrazzi%20fulvia&sort=date

 

Kontakt

PD Dr. Fulvia Ferrazzi
fulvia.ferrazzi(at)uk-erlangen.de
09131 85 43677

Weiterführende Links

https://www.nephropathologie.uk-erlangen.de/forschung-und-lehre/bioinformatics-and-computational-pathology/

 

Stand: 04/2026

Leitung

Prof. Dr. med. Florian Haller

Überblick Forschungsinhalte

  • Etablierung neuer molekular-pathologischer Methoden in der Diagnostik und prädiktiven Therapie von Tumorerkrankungen
  • Identifizierung von neuen diagnostischen und prognostischen  Biomarkern in Weichteiltumoren/GIST

Methoden

  • Next-Generation Sequenzierung (NGS)
  • Globale Methylierungs- und RNA-Expressionsanalysen

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. rer. nat Stefan Wiemann, DKFZ Heidelberg
  • Prof. Dr. Christoph Plass, DKFZ Heidelberg

Publikationen

Kontakt

Prof. Dr. med. Florian Haller

09131 85-25677

Florian.haller(at)uk-erlangen.de

 

Stand: 04/2026

Leitung

Prof. Dr. Arndt Hartmann

Prof. Dr. Dr. Robert Stöhr

PD Dr. Dr. Christine Stöhr

 

Überblick Forschungsinhalte

  • Immunhistochemische und molekulare Marker für Prädisposition
  • Progression und Differentialdiagnose in Nierenzell-, Urothel- und Peniskarzinomen

 

Team

  • Prof. Dr. Arndt Hartmann
  • Prof. Dr. Dr. Robert Stöhr
  • PD Dr. Dr. Christine Stöhr
  • Dr. August Fiegl
  • Dr. Fabienne Lange
  • Prof. Dr. Abbas Agaimy

 

Laufende Forschungsprojekte

  • Verbesserung der Differentialdiagnose von Nierenzelltumoren
  • Identifizierung von Prädispositions- und Verlaufsmarkern für Nierenzellkarzinomerkrankungen
  • Zusammenspiel zwischen Tumormetabolismus und Immunfiltration im Nierenzellkarzinom und deren Einfluss auf die Prognose
  • CRITERIA: Critical Determinants of Response to Immunotherapy in Non-clear Cell RCC Entities, gefördert durch die DFG (in Kooperation mit ANR)
  • TRANSCAN-170: Comprehensive genomic characterization of upper urinary tract urothelial carcinoma and paired bladder recurrences, gefördert durch das BMBF. Immunhistochemische und molekulare Marker für Prognoseabschätzung und Therapieprädiktion des Peniskarzinoms.

 

Methoden

  • Zellbiologie, Molekularbiologie, Immunhistochemie. 
     

Studien

 

Kooperationspartner

  • Deutsches Netzwerk Nierenzelltumoren e.V. (https://netzwerk-nierentumoren.de/)
  • Bridge Consortium (Bridge (Bladder Cancer Research Initiative for Drug Targets Germany) Konsortium e.V. (docdeck.de)
  • International Bladder Cancer Network https://ibcnweb.com/
  • Deutsches Prostatakarzinom Konsortium e.V. http://www.dpkk.de/
  • Prof. Dr. Barbara Seliger
  • Dr. Chiara Massa, Institut für Translationale Immunologie, Medizinische Hochschule Brandenburg Theodor Fontane, Brandenburg an der Havel
  • Prof. Dr. Kerstin Junker, Klinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum des Saarlandes, Homburg/Saar
  • Prof. Dr. Barbara Grünwald, Experimentelle Urologie, Klinik für Urologie, Universitätsmedizin Essen
  • Prof. Dr. Gabriel Malouf, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Illkirch, Frankreich
  • Prof. Dr. Matthias Schwab, Dr. Margarete Fischer-Bosch-Institut für Klinische Pharmakologie am Robert-Bosch-Krankenhaus, Stuttgart
  • PD. Dr. Antje Knöll, Virologisches Institut – Klinische und Molekulare Virologie, Uniklinikum Erlangen

  • PD. Dr. Sven Wach, Urologische und Kinderurologische Klinik, Uniklinikum Erlangen

     

Publikationen

  • Lars Tögel, Felix Elsner, Olaf Wendler, Johannes Giedl, Nadine T Gaisa, Georg Richter, Valentina Campean, Maximilian Burger, Bernd Wullich, Simone Bertz, Arndt Hartmann, Robert Stoehr. GPS1 Exon 9 Mutations Represent a Rare Genetic Event in Penile Squamous Cell Carcinoma Pathogenesis. Int J Mol Sci. 2026 Mar 7;27(5):2460. doi: 10.3390/ijms27052460.
  • August Fiegl, Olaf Wendler, Johannes Giedl, Nadine T Gaisa, Georg Richter, Valentina Campean, Maximilian Burger, Femke Simmer, Iris Nagtegaal, Bernd Wullich, Simone Bertz, Arndt Hartmann, Robert Stoehr. Elevated Microsatellite Alterations at Selected Tetranucleotide Repeats (EMAST) in Penile Squamous Cell Carcinoma-No Evidence for a Role in Carcinogenesis . Curr Oncol. 2024 Sep 25;31(10):5752-5761. doi: 10.3390/curroncol31100427.

  • Stefanie Zschäbitz, Marie Mikuteit, Christine Stöhr, Edwin Herrmann, Iris Polifka, Abbas Agaimy, Lutz Trojan, Philipp Ströbel, Frank Becker, Christian Wülfing, Peter Barth, Michael Stöckle, Michael Staehler, Christian Stief, Axel Haferkamp, Markus Hohenfellner, Stefan Duensing  , Stephan Macher-Göppinger, Bernd Wullich, Joachim Noldus, Walburgis Brenner, Frederik C Roos, Bernhard Walter, Wolfgang Otto, Maximilian Burger, Andres Jan Schrader, Arndt Hartmann, Franziska Erlmeier, Sandra Steffens. Expression of nectin-4 in papillary renal cell carcinoma. Discov Oncol. 2022 Sep 22;13(1):90.doi: 10.1007/s12672-022-00558-2. 

     

Kontakt

Prof. Dr. Arndt Hartmann

09131 85 32286

arndt.hartmann(at)uk-erlangen.de

 

Prof. Dr. Dr. Robert Stöhr

09131 85 43610

robert.stoehr(at)uk-erlangen.de

 

PD Dr. Dr. Christine Stöhr

09131 85 43609

christine.stoehr(at)uk-erlangen.de

 

Weiterführende Links

 

Stand: 04/2026

Leitung

Dr. med. Felix Elsner

 

Überblick Forschungsinhalte

Unsere Forschung konzentriert sich auf die frühe systemische Streuung und metastatische Evolution des nicht-kleinzelligen Lungenkarzinoms (NSCLC) unter Integration moderner molekularer Analysen.
Im Zentrum steht die Untersuchung disseminierter Tumorzellen (DCCs) in Lymphknoten und Knochenmark, die als Vorläufer manifester Metastasen gelten und mit konventionellen histopathologischen Methoden in der Regel nicht detektiert werden. Mithilfe hochsensitiver Verfahren wie der quantitativen Immunzytologie konnten wir zeigen, dass okkulte Lymphknotenstreuung durch histologische Routinediagnostik deutlich unterschätzt wird und eine hohe prognostische Relevanz besitzt. Für DCCs im Knochenmark konnten wir die Existenz unterschiedlicher Phänotypen zeigen, wobei lediglich die EpCAM-positiven DCCs mit einem signifikant reduzierten Überleben assoziiert waren.
Ein zentraler Schwerpunkt liegt auf der molekularen Charakterisierung von DCCs und dem Vergleich mit den entsprechenden Primärtumoren, wobei sich ausgeprägte genetische Unterschiede zeigen, die das Konzept der parallelen Tumorevolution unterstützen.
Darüber hinaus verfolgen wir das Ziel, diagnostische Verfahren zur Detektion lymphogener Tumorzelldissemination zu verbessern und in die klinische Routine zu überführen. 
Ein weiterer Fokus liegt auf Mechanismen der Therapieresistenz, insbesondere im Kontext der neoadjuvanten Chemoimmuntherapie. Hier untersuchen wir histopathologische Regressionsmuster, Regressionsgraduierung sowie prädiktive Biomarker des Therapieansprechens. In diesem Kontext kommt auch KI-gestützte Gewebeanalytik zum Einsatz.
Ziel unserer Arbeit ist es, biologische Erkenntnisse mit innovativen diagnostischen und KI-gestützten Ansätzen zu verknüpfen, um eine präzisere Risikostratifizierung und personalisierte Therapie von NSCLC-Patientinnen und -Patienten zu ermöglichen.

 

Laufende Forschungsprojekte

  • Disseminated cancer cells in NSCLC patients (ELAN P150; IZKF) 
    Etablilerung eines verbesserten histologischen Untersuchungsschemas für die Detektion von Lymphknotenmetastasen bei Lungenkrebspatienten
  • ReGraDE-Studie (Kooperation mit Prof. Dr. Dr. Konrad Steinestel, Bundeswehrkrankenhaus Ulm)
  •  

Methoden

  • Quantitative Immunzytologie
  • Einzelzellanalysen und molekulares Profiling
  • Kopienzahl- und Mutationsanalysen
  • Histopathologische Evaluation und Regressionsgraduierung
  • KI-gestützte digitale Pathologie und Bildanalyse zur automatisierten Gewebeanalytik, Biomarkerquantifizierung und Vorhersage des Therapieansprechens

  • Translationale Forschung an Patientenproben

     

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. Christoph A. Klein (Universität Regensburg)
  • PD. Dr. Bernhard Polzer (Fraunhofer ITEM Regensburg)
  • Prof. Dr. Dr. Konrad Steinestel (Bundeswehrkrankenhaus Ulm)
  • Prof. Dr. Horia Sirbu/Dr. Denis Trufa (Thoraxchirurgische Abteilung UKER)

  • PD Dr. Florian Fuchs (Medizinische Klinik 1 UKER)

     

Publikationen

  • Elsner F et al. Disseminated cancer cells detected by immunocytology in lymph nodes of NSCLC patients are highly prognostic and undergo parallel molecular evolution. Journal of Pathology, 2022. DOI: 10.1002/path.5996
  • Elsner F et al. Ultrastaging confirms the superior sensitivity of quantitative immunocytology for detection of lymph node spread in NSCLC patients. Archives of Pathology & Laboratory Medicine, 2025. DOI: 10.5858/arpa.2025-0162-OA
  • Elsner F et al. Current practice of pathologic response assessment following chemoimmunotherapy for NSCLC (Re-GraDE study). Histopathology, 2025. DOI: 10.1111/his.15550
  • Mederer T*, Elsner F* et al. EpCAM-positive disseminated cancer cells in bone marrow impact on survival of early-stage NSCLC patients. Lung Cancer, 2022. DOI: 10.1016/j.lungcan.2022.02.008

 

Kontakt

Dr. med. Felix Elsner
09131 85 43679
felix.elsner(at)uk-erlangen.de

 

Stand: 04/2026

Leitung

PD Dr. med. Carol Geppert (MIAC)

 

Überblick Forschungsinhalte

  • Etablierung der Digitaltechnik mit Soft- und Hardware für vers. Anforderungen
  • Beratung und Betreuung vers. Kooperations- und Drittmittelprojekte
  • Entwicklung und Forschung an und mit KI-Modellen in hausinternen sowie Kooperations- und Drittmittelprojekten
  • Telepathologie und die Herstellung von kostengünstigen Lösungen für Bildaufnahme
     

Unsere Forschung konzentriert sich auf die Entwicklung und Anwendung von digitalen Techniken mit klassischer Bildanalyse sowie die Verwendung diverser KI-Modelle für Projekte, die u.a. die Klassenerkennung oder Strukturerkennung oder automatisierte Annotation zum Ziel haben. Des Weiteren werden damit auch weiterführende Klassifikatoren entwickelt, wie z.B. Tumorzellerkennung oder die Erfassung peritumoraler Entzündung. Auch innerhalb von Tumoren kann das Wachstum oder der Subtyp erfasst werden. 
Ein weiterer wichtiger Punkt ist die Workflow-Erfassung und Optimierung der Diagnostik im digitalen Umfeld. Mit steigender Entwicklung und stetig wachsender Marktbreite werden Diagnostiker und Forschende mit neuen Herausforderungen konfrontiert. Wir erarbeiten Lösungen mit Kooperationspartnern aus der universitären Forschung und der Industrie. 
Maschinelles Lernen ist für die Analyse zahlreicher Pathologiedaten zu einem festen Baustein geworden (siehe AG Ferrazzi, AG Eckstein und AG Haller). Es spielt eine wichtige Rolle für die Präzisionsmedizin und trägt zum Verständnis von Krankheitsentwicklung und Progress bei. 
Darüber hinaus werden in Kooperationen mit Mindpeak AI und Fraunhofer Institut (IIS und MEVIS Bremen) sowie mit industriellen Partnern wie OWKIN oder Siemens Healthineers maschinelles Lernen, einschließlich Deep-Learning, in Entwicklung begleitet und/oder in der Anwendung erprobt.

 

Team

  • PD Dr. med. Carol Geppert (MIAC)
  • Dr. med. Dr. rer. Nat. C. Matek
  • Dr. med. Dr. rer. Nat. A. Youssef
  • Dr. S. Rauch

 

Laufende Forschungsprojekte

  • Detaillierte Workflow- und Machbarkeitsanalyse der digitalen Pathologie versus analogen Ablauf sowie im Vergleich zu KI-gestützter
  • Befundung von Prognoseparametern (IHC) im Mammakarzinom (Stanzbiopsien prätherapeutisch/präoperativ) in Kooperation mit
  • Siemens Healthineers, Proscia und Mindpeak
  • Workflow Analyse der digitalen und KI gestützten MMR-Diagnostik von Kolonkarzinomen (MSIntuit, OWKIN)
  • Machbarkeits- und Validierungsstudie digitaler und KI gestützter MMR-Diagnostik im Kolonkarzinom in Resektaten und präoperativ an Biopsiematerial (MSIntuit, OWKIN)
  • Weiterentwicklung der Lehre im Studium sowie für Fachärzte und Ärzte in Weiterbildung zusammen mit u.a. Konferenzorganisatoren, der IAP oder IAC  
  • Weiterentwicklung regelbasierter Generierung von zytologischen und histologischen Bildern für den zielgerichteten Einsatz von KI Algorithmen in Kooperation mit MIRA-Vision 
  • Rolle von Biomarkern im Plattenepithelkarzinom der Vulva
  • Rolle der intra- und peritumoralen Entzündung im Plattenepithelkarzinom der Vulva mittels KI-gestützter Verfahren (MICAIA, Fraunhofer Institut)  
  • Entwicklung automatisierter Bildregistrierung für Forschung und besonders für  beschleunigte digitale Routine (Histocut Fusion, MEVIS, Bremen)
  • Entwicklung automatisierter KI-gestützter Systeme in der Reproduktionsmedizin mit Erfassung wichtiger Strukturen wie  Cortex oder Follikel und ihrer Klassen  (MICAIA Fraunhofer Institut, Frauenklinik und Institut für Frauengesundheit)
  • Entwicklung digitaler Messmethoden im Bereich des Tissue-Engeneerings im Tiermodell sowie humanoidem Gewebe inkl. der
  • Erprobung von Organoiden mit Xenograft-Modellen (D. Steiner, Uniklinik Tübingen)
  • Weiterentwicklung der Tissue Micro Array-Techniken (ngTMA®) sowie die Verarbeitung der Daten in zahlreichen Kooperationsprojekten 

 

Methoden

  • Digitalisierung von zytologischen und histologischen Präparaten in Durchlichttechnik in diversen Formaten und mit unterschiedlichen Scannern (high-throughput) verschiedener Hersteller wie LEICA, 3DHISTECH, Precipoint, Hamamatsu oder Olympus
  • Digitalisierung von in-situ-Hybridisierungen in zytologischen und histologischen Präparaten (CISH oder FISH) in proprietären Formaten (Olympus)
  • ngTMA Herstellung und Verarbeitung für Kollektive mit großer Fallzahl an Proben oder Materialien. 
  • Analyse der Bilddaten mithilfe klassischer Bildanalyse in vers. Programmen für unterschiedliche Fragestellungen sowie Analysen mithilfe unterschiedlicher KI- Methoden sowie die Weiterentwicklung und Erprobung dieser Modelle und Algorithmen. 

  • Deep-learning Algorithmen: Programmierung und Erprobung in der digitalen Pathologie und der computergestützten Pathologie (computational pathology)

     

Kooperationspartner

  • OWKIN, Paris, Frankreich 
  • Waiv, Paris, Frankreich
  • Mindpeak GmbH, Hamburg
  • MIRA-Vision microscopy GmbH, Erlangen und Göttingen 
  • Siemens Healthineers, Erlangen, Deutschland
  • Barco GmbH, Karlsruhe, D und Kortrijk, Belgien
  • 3DHISTECH, Budapest, Ungarn
  • Hamamatsu Photonics, Standort Herrsching
  • IAP, Division Deutschland, Bonn
  • MEVIS Fraunhofer Institut, Bremen
  • IIS Fraunhofer Institut, Erlangen
  • Frauenklinik Universitätsklinikum Erlangen
  • Plastische Chirurgie Universitätsklinikum Tübingen
  • Institut für Pathologie Universitätsklinikum Halle a. d. S.

  • Institut für Pathologie Universitätsklinikum Düsseldorf

     

Publikationen

  • Wagner SJ, Reisenbüchler D, ... TransSCOT consortium; Matek C, Geppert C, Peng C, Zhi C, Ouyang X, James JA, Loughrey MB, Salto-Tellez M, Brenner H, Hoffmeister M, Truhn D, Schnabel JA, Boxberg M, Peng T, Kather JN. Transformer-based biomarker prediction from colorectal cancer histology: A large-scale multicentric study. Cancer Cell. 2023 Sep 11;41(9):1650-1661.e4. doi: 10.1016/j.ccell.2023.08.002. Epub 2023 Aug 30. PMID: 37652006; PMCID: PMC10507381.
  • Foersch S, Glasner C, Woerl AC, Eckstein M, Wagner DC, Schulz S, Kellers F, Fernandez A, Tserea K, Kloth M, Hartmann A, Heintz A, Weichert W, Roth W, Geppert C, Kather JN, Jesinghaus M. Multistain deep learning for prediction of prognosis and therapy response in colorectal cancer. Nat Med. 2023 Feb;29(2):430-439. doi: 10.1038/s41591-022-02134-1. Epub 2023 Jan 9. PMID: 36624314.
  • Pagès F, Mlecnik B, Marliot F, Bindea G, Ou FS, Bifulco C, Lugli A, Zlobec I, Rau TT, Berger MD, Nagtegaal ID, Vink-Börger E, Hartmann A, Geppert C, Kolwelter J, Merkel S, Grützmann R, ... , Galon J. International validation of the consensus Immunoscore for the classification of colon cancer: a prognostic and accuracy study. Lancet. 2018 May 26;391(10135):2128-2139. doi: 10.1016/S0140-6736(18)30789-X. Epub 2018 May 10. PMID: 29754777.
  • Stuebs FA, Knöll A, Hartmann A, Matek C, John N, Häberle L, Beckmann MW, Erber R, Bercebal C, Geppert CI. Trop2-expression in primary vulvar squamous cell carcinoma. Gynecol Oncol. 2025 May;196:78-84. doi: 10.1016/j.ygyno.2025.03.049. Epub 2025 Apr 3. PMID: 40184712.
  • Stuebs FA, Knöll A, Hartmann A, Matek C, John N, Häberle L, Beckmann MW, Bercebal C, Eckstein M, Rauch S, Geppert CI. Nectin-4 expression in vulvar squamous cell carcinoma. Virchows Arch. 2026 Mar 26. doi: 10.1007/s00428-026-04495-1. Epub ahead of print. PMID: 41888429.
  • Heichler C, Scheibe K, Schmied A, Geppert CI, Schmid B, Wirtz S, Thoma OM, Kramer V, Waldner MJ, Büttner C, Farin HF, Pešić M, Knieling F, Merkel S, Grüneboom A, Gunzer M, Grützmann R, Rose-John S, Koralov SB, Kollias G, Vieth M, Hartmann A, Greten FR, Neurath MF, Neufert C. STAT3 activation through IL-6/IL-11 in cancer-associated fibroblasts promotes colorectal tumour development and correlates with poor prognosis. Gut. 2020 Jul;69(7):1269-1282. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319200. Epub 2019 Nov 4. PMID: 31685519.
  • Schmidt A, Fuchs J, Dedden M, Kocher K, Schülein C, Hübner J, Vieira Antão A, Irrgang P, Oltmanns F, Viherlehto V, Leicht N, Rieker RJ, Geppert C, Appelt U, Zundler S, Schober K, Lapuente D, Tenbusch M. Inflammatory conditions shape phenotypic and functional characteristics of lung-resident memory T cells in mice. Nat Commun. 2025 Apr 16;16(1):3612. doi: 10.1038/s41467-025-58931-y. PMID: 40240341; PMCID: PMC12003732

 

Kontakt

PD Dr. med. Carol Geppert (MIAC)
09131 85 43649
carol.geppert(at)uk-erlangen.de

 

Weiterführende Links

https://www.pathologie.uk-erlangen.de/

 

Stand: 04/2026

Die Versorgung von Krebspatient/-innen am Uniklinikum Erlangen erfolgt in zertifizierten bzw. begutachteten Strukturen der Deutschen Krebsgesellschaft (DKG), der Deutschen Krebshilfe (DKH) bzw. dem Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF).

Im Onkologischen Zentrum (ONZ) sind die Strukturen für die klinische Versorgung zusammengefasst, im Comprehensive Cancer Center Erlangen-Europäische Metropolregion Nürnberg (CCC ER-EMN; CCC WERA) und im Nationalen Centrum für Tumorerkrankungen (NCT) die Strukturen für translationale Krebsforschung und klinische Studien.

 

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