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Onkologische Forschungsgruppen der Medizin 4

AG Schödel - Renale Epigenetik und Hypoxische Genregulation

Leitung

PD. Dr. med. Johannes Schödel D.phil.

Überblick Forschungsinhalte

Sauerstoffmangel spielt eine wichtige Rolle bei vielen physiologischen und pathophysiologischen Prozessen. Dabei stehen die Hypoxie-induzierbaren Transkriptionsfaktoren (HIF) im Zentrum der hypoxischen Genregulation. Durch DNA-Bindung an Hypoxie-responsiven Elementen aktivieren sie Gene, die adaptive Prozesse in der Zelle und dem Organismus regulieren. Wichtige Beispiele direkter HIF-Zielgene sind z.B. Erythropoetin, VEGFA, Cyclin D1 oder glykolytische Enzyme.

HIF-aktivierte, protektive Mechanismen können im Rahmen einer akuten Nierenschädigung positive Auswirkungen auf die tubuläre Funktion haben. Im Gegensatz hierzu werden durch die HIFs im Rahmen des VHL-assoziierten Nierenzellkarzinoms allerdings auch onkogene Prozesse angeschaltet, die zu einem Fortschreiten dieser Erkrankung führen können.

Unsere Forschung hat zum Ziel, zelltypspezifische Funktionen und epigenetische Charakteristika der HIF-Bindung zu identifizieren und dabei Mechanismen zu definieren, die die direkte HIF-DNA Interaktion beeinflussen. Zur Identifikation relevanter Bindungsstellen bedienen wir uns dabei der modernen Methodik zur Analyse der Protein-DNA-Interaktion gekoppelt mit Next-Generation Sequencing (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq). Funktionell charakterisieren wir die DNA-Elemente in entsprechenden Zelllinien mithilfe neuester „Genome-Editing“ Technologie (CRISPR/Cas). Zudem sind wir daran interessiert, die Interaktion von HIF-Bindung, Epigenetik und krankheitsassoziierten DNA-Polymorphismen (z.B. im Nierenzellkarzinom) näher zu untersuchen.

Laufende Forschungsprojekte

  • DFG: TRR 374 – Teilprojekt C5 – „The epigenetic memory of renal tubular cells” 2023-2026
  • DFG: Sachbeihilfe – “HIF-2α release and HIF-interactions in tubular cells and clear cell renal cell carcinoma” 2023-2025
  • Verein VHL betroffener Familien e.V.: „Establishing cell models of clear cell renal cell carcinoma progenitor cells”

Methoden

  • ChIP-seq
  • ATAC-seq
  • RNA-seq
  • CRISPR/Cas
  • Primäre Zellkulturen

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. Wullich, Urologie, Erlangen
  • Prof. Dr. Hartmann, Pathologie, Erlangen

Publikationen

Kontakt

PD. Dr. med. Johannes Schödel D.phil.

johannes.schoedel(at)uk-erlangen.de

Weiterführende Links

https://www.medizin4.uk-erlangen.de/forschung/experimentelle-forschung/renale-epigenetik-und-hypoxische-genregulation/

 

Stand: 03/2023