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Onkologische Forschungsgruppen der Pathologie

Pathologie

Leitung

Dr. Markus Eckstein – Institut für Pathologie
Prof. Reiner Strick – Frauenklinik

Überblick Forschungsinhalte

  • Tumorimmunologie des Harnblasenkarzinoms
  • Bedeutung endogener Retroviren in der antitumoralen Immunantwort
  • Etablierung neuer Biomarker für das Ansprechen auf Immuntherapien

Laufende Forschungsprojekte

  • Rolle von ERVs in der Tumorigenese von Urothelkarzinomen
  • Rolle von ERVs in der antitumoralen Immunantwort gegen Urothelkarzinom
  • Rolle von ERVs in Ovarial-Karzinome und angeborene Immunantwort
  • Rolle von ERVs und Zellfusion bzw. Endoreduplikation in Karzinomen

Methoden

  • Molekularbiologie und Molekulargenetik
  • 2D und 3D Zellkultur, Primärzellen und Organoide, in-vitro und in-vivo Modelle
  • Genetische Hochdurchsatzverfahren, Bioinformatik

Kooperationspartner

Publikationen

Kontakt

Reiner.strick(at)uk-erlangen.de
Markus.eckstein(at)uk-erlangen.de
Pamela.strissel(at)uk-erlangen.de

 

Stand: 02/2023

Leitung

Prof. Dr. rer. nat. Regine Schneider-Stock

Überblick Forschungsinhalte

  • Kolontumor und Metastasierung (Schwerpunkt: Peritonealmetastasierung), 
  • 3D Modelle und alternative ex vivo und in vivo Modelle (Schwerpunkt CAM-Modell)
  • Tumorheterogenität: Tumorzentrum versus Invasionsfront
  • Mechanosignaling von Tumorzellen
  • Magnetische Markierung von Tumorzellen
  • Zytotoxizität und Taget-Identifizierung von neuen Pflanzen-basierten Substanzen

Laufende Forschungsprojekte

  • 2021-2024 Alexander von Humboldt Stiftung "Functional and molecular evaluation of novel c-Myc targeting anticancer compounds in colorectal cancer cells"
  • 2021-2024 DFG SCHN477/18-1 "Tumor heterogeneity for ATF2 and its impact for invasive behavior of colorectal cancer"
  • 2023-2026 DFG SCHN477/19-1 "Quantenbildgebung von lebendem Gewebe mit magnetischen Nanopartikeln - Ein neuer interdisziplinärer Ansatz / Quantum Imaging of Living Tissues with Magnetic Nanoparticles – An Interdisciplinary Novel Approach" 

Methoden

  • Ex vivo Modelle zum Nachweis von Metastasierungsfähigkeit
  • Chorioallantois Membran (CAM) Modell
  • Präzisionsgewebeschnitte
  • Organoidkulturen
  • Funktionelle Assays zur Charakterisierung von Migration und Invasion
  • Life-cell imaging und Immunfluoreszenz-Mikroskopie

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. phil. nat. Christian Pilarsky, Chirurgie, Universitätsklinikum Erlangen
  • Dr. Philipp Kainz, KML Vision GmbH, Graz, Austria
  • Jan Prochazka, PhD, Czech Centre for Phenogenomics, Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of Sciences, Prague, Czech
  • Prof. Pithi Chanvorachote, PhD, Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand
  • Prof. Dr. Sreeparna Banerjee, Middle East Technical University, Department of Biological Sciences, Ankara, Turkey
  • Luis Vermeulen, MD, PhD, Luis Vermeulen Laboratory, LEXOR Department, Amsterdam, The Netherlands

Publikationen

Kontakt

Prof. Dr. rer. nat. Regine Schneider-Stock
Universitätsstraße 22, 91054 Erlangen
09131 85-26069
Regine.schneider-stock(at)uk-erlangen.de

Weiterführende Links

https://www.pathologie.uk-erlangen.de/forschung/arbeitsgruppen/experimentelle-tumorpathologie/

Stand: 03/2023

Leitung

Dr. Fulvia Ferrazzi

Überblick Forschungsinhalte

Unsere Forschung konzentriert sich auf die Entwicklung und Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens für die Analyse von Omics-Daten sowie von digitalen und molekularen Pathologiedaten. Omics-Analysen spielen eine zunehmend wichtige Rolle in der Präzisionsmedizin und tragen dazu bei, unser Verständnis der Krankheitsentwicklung zu verbessern und diagnostische und prognostische Biomarker zu identifizieren. Unsere Gruppe arbeitet an der Entwicklung von Methoden zur Analyse funktioneller Genomikdaten, um die Transkriptionsregulation in Entwicklung und Krankheit zu entschlüsseln.

Darüber hinaus wird im Rahmen des Erlanger Bioinformatik-Kernprojekts des TRR 305 "Striking a moving target: From mechanisms of metastatic organ colonisation to novel systemic therapies" (Von Mechanismen der metastatischen Organbesiedlung zu neuen systemischen Therapien) unterstützen wir experimentelle Partner bei der Planung von Omics-Experimenten und bei der computergestützten Verwaltung und statistischen Analyse der resultierenden Daten. Darüber hinaus arbeitet unsere Gruppe an der Entwicklung von Strategien des maschinellen Lernens, einschließlich Deep-Learning-Algorithmen, die die enorme Menge an Informationen, die in digitalisierten histopathologischen Bildern enthalten sind, sowie die zunehmende Verfügbarkeit von Daten auf molekularer Ebene nutzen, um die Stratifizierung und Behandlung von onkologischen Patienten zu verbessern.

Laufende Forschungsprojekte

  • 2021-2024: Collaborative Research Center TRR 305, “Striking a moving target: From mechanisms of metastatic organ colonisation to novel systemic therapies”, Z01 Project “Data management, bioinformatics and imaging platform”
  • 2023-2026: Collaborative Research Center TRR 374, “ Tubular system and interstitium of the kidney: (Patho-) physiology and crosstalk”, INF1 Project “ Platforms for bioinformatics methodology and gene prioritisation”

Methoden

  • maschinelles Lernen
  • Künstliche Intelligenz
  • Statistik
  • Analyse von Sequenzierungsdaten (z. B. bulk/scRNA-Seq, ChIP-Seq, ATAC-Seq)
  • Planung von Omics-Experimenten

Kooperationspartner

UKER/FAU:

  • Prof. K. Amann
  • Prof. A. Hartmann
  • Prof. F. Haller
  • Prof. T. Brabletz
  • Prof. F. Engel
  • Prof. K. Ueberla
  • Prof. R. Strick
  • Prof. D. Dudziak
  • Prof. F. Nimmerjahn
  • Prof. V. Zaburdaev

Publikationen

Full list:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=%28ferrazzi+f%5BAuthor%5D%29+AND+%28%22last+20+years%22%5Bpdat%5D%29&sort=date

Kontakt

Dr. Fulvia Ferrazzi
fulvia.ferrazzi(at)uk-erlangen.de
09131 85-43677

Weiterführende Links

https://www.nephropathologie.uk-erlangen.de/forschung-und-lehre/bioinformatics-and-computational-pathology/

 

Stand: 03/2023

Leitung

Prof. Dr. med. Florian Haller

Überblick Forschungsinhalte

  • Etablierung neuer molekular-pathologischer Methoden in der Diagnostik und prädiktiven Therapie von Tumorerkrankungen
  • Identifizierung von neuen diagnostischen und prognostischen  Biomarkern in Weichteiltumoren/GIST

Methoden

  • Next-Generation Sequenzierung (NGS)
  • Globale Methylierungs- und RNA-Expressionsanalysen

Kooperationspartner

  • Prof. Dr. rer. nat Stefan Wiemann, DKFZ Heidelberg
  • Prof. Dr. Christoph Plass, DKFZ Heidelberg

Publikationen

Kontakt

Prof. Dr. med. Florian Haller

09131 85-25677

Florian.haller(at)uk-erlangen.de

 

Stand: 03/2023

Leitung

Prof. Dr. Arndt Hartmann

Prof. Dr. Dr. Robert Stöhr

PD Dr. Dr. Christine Stöhr

Überblick Forschungsinhalte

Immunhistochemische und molekulare Marker für Prädisposition, Progression und Differentialdiagnose in Nierenzell-, Urothel- und Peniskarzinomen.

Laufende Forschungsprojekte

  • Verbesserung der Differentialdiagnose von Nierenzelltumoren
  • Prädispositions-und Verlaufsmarker für Nierenzellkarzinomerkrankungen
  • Zusammenspiel zwischen Tumormetabolismus und Immunfiltration im Nierenzellkarzinom und deren Einfluss auf die Prognose
  • TRANSCAN-170: Comprehensive genomic characterization of upper urinary tract urothelial carcinoma and paired bladder recurrences.

Methoden

  • Zellbiologie
  • Molekularbiologie
  • Immunhistochemie

Studien

Kooperationspartner

  • Deutsches Netzwerk Nierenzelltumoren e.V. ( https://netzwerk-nierentumoren.de/ )
  • Bridge Consortium (Bridge (Bladder Cancer Research Initiative for Drug Targets Germany) Konsortium e.V. (docdeck.de))
  • International Bladder Cancer Network https://ibcnweb.com/
  • Deutsches Prostatakarzinom Konsortium e.V. http://www.dpkk.de/
  • Prof. Dr. Barbara Seliger, Institut für Medizinische Immunologie, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg. Halle
  • Prof. Dr. Matthias Schwab, Dr. Margarete Fischer-Bosch-Institut für Klinische Pharmakologie am Robert-Bosch-Krankenhaus, Stuttgart
  • Prof. Dr. Kerstin Junker, Klinik für Urologie und Kinderurologie, Universitätsklinikum des Saarlandes, Homburg/Saar
  • Prof. Dr. Helge Taubert, PD Dr. Sven Wach, Urologische und Kinderurologische Klinik, Uniklinikum Erlangen
  • PD. Dr. Antje Knöll, Virologisches Institut – Klinische und Molekulare Virologie, Uniklinikum Erlangen

Publikationen

  • Friederike Kullmann, Pamela L Strissel, Reiner Strick, Robert Stoehr, Markus Eckstein, Simone Bertz, Bernd Wullich, Danijel Sikic, Sven Wach, Helge Taubert, Peter Olbert, Hendrik Heers, María Fernanda Lara, Maria Luisa Macias, Elisa Matas-Rico, Maria José Lozano, Daniel Prieto, Isabel Hierro, Thomas van Doeveren, Ivan Bieche, Julien Masliah-Planchon, Romane Beaurepere, Joost L Boormans, Yves Allory, Bernardo Herrera-Imbroda, Arndt Hartmann, Veronika Weyerer. Frequency of microsatellite instability (MSI) in upper tract urothelial carcinoma: comparison of the Bethesda panel and the Idylla MSI assay in a consecutively collected, multi-institutional cohort. J Clin Pathol. 2023 Feb;76(2):126-132.doi: 10.1136/jclinpath-2021-207855.
  • Florian A Büttner, Stefan Winter , Viktoria Stühler, Steffen Rausch, Jörg Hennenlotter, Susanne Füssel, Stefan Zastrow, Matthias Meinhardt, Marieta Toma, Carmen Jerónimo, Rui Henrique, Vera Miranda-Gonçalves, Nils Kröger, Silvia Ribback, Arndt Hartmann, Abbas Agaimy, Christine Stöhr , Iris Polifka, Falko Fend , Marcus Scharpf, Eva Comperat , Gabriel Wasinger, Holger Moch, Arnulf Stenzl, Marco Gerlinger, Jens Bedke, Matthias Schwab, Elke Schaeffeler, A novel molecular signature identifies mixed subtypes in renal cell carcinoma with poor prognosis and independent response to immunotherapy.Genome Med. 2022 Sep 15;14(1):105. doi: 10.1186/s13073-022-01105-y.
  • K Amann, P Boor, T Wiech, J Singh, E Vonbrunn, A Knöll, M Hermann, M Büttner-Herold, C Daniel, A Hartmann. COVID-19 effects on the kidney.Pathologe. 2021 Nov;42(Suppl 1):76-80. doi: 10.1007/s00292-020-00900-x
  • Sia Viborg Lindskrog, Frederik Prip, Philippe Lamy, Ann Taber, Clarice S Groeneveld, Karin Birkenkamp-Demtröder, Jørgen Bjerggaard Jensen, Trine Strandgaard, Iver Nordentoft, Emil Christensen, Mateo Sokac, Nicolai J Birkbak, Lasse Maretty, Gregers G Hermann, Astrid C Petersen, Veronika Weyerer, Marc-Oliver Grimm, Marcus Horstmann, Gottfrid Sjödahl, Mattias Höglund, Torben Steiniche, Karin Mogensen, Aurélien de Reyniès, Roman Nawroth, Brian Jordan, Xiaoqi Lin, Dejan Dragicevic, Douglas G Ward, Anshita Goel, Carolyn D Hurst, Jay D Raman, Joshua I Warrick, Ulrika Segersten, Danijel Sikic, Kim E M van Kessel, Tobias Maurer, Joshua J Meeks, David J DeGraff , Richard T Bryan, Margaret A Knowles, Tatjana Simic, Arndt Hartmann, Ellen C Zwarthoff, Per-Uno Malmström, Núria Malats, Francisco X Real, Lars Dyrskjøt. An integrated multi-omics analysis identifies prognostic molecular subtypes of non-muscle-invasive bladder cancer. Nat Commun. 2021 Apr 16;12(1):2301. doi: 10.1038/s41467-021-22465-w

Kontakt

Arndt.hartmann@uk-erlangen.de

Robert.stoehr(at)uk-erlangen.de

Christine.stoehr(at)uk-erlangen.de

Veronika.bahlinger(at)uk-erlangen.de

Fabienne.lange(at)uk-erlangen.de

Abbas.agaimy(at)uk-erlangen.de

Weiterführende Links

 

Stand: 03/2023